De 1986 a 1991 Daniele estudió en el seminario de Bologna. Su vicerrector así lo recuerda: "Los años del seminario fueron para Daniele un tiempo de purificación que mejor le hizo entender por qué, hacia quién y para qué gastar su vida: fueron años en los que, mediante la reducción de las tareas externas, él podía dedicarse a su crecimiento interior. El alejamiento físico de los lugares y de los seres queridos le permitió establecer con los demás, un vínculo más fuerte y puro a través de la oración. La fatiga del estudio él la aceptó y ofreció todos los días con tenacidad y perseverancia. Los horarios estrictos, que escandían los momentos de la vida comunitaria, lo educaron a la disponibilidad y a la docilidad".
Daniele vuelve a Perú en el verano de 1987, por la ordenación sacerdotal de Giorgio. La amistad con él sigue siendo muy fuerte: lo trata como a un hermano, recibiendo de él consejos y correcciones. A su regreso comienza a vivir el tiempo del seminario, el tiempo de su alejamiento de Perú con una obediencia absoluta: inicia sin perder tiempo a entender a todas las personas y a las distintas formas de vivir el Evangelio, sin dejar de creer que el progreso material puede ser un peligro para la vida cristiana auténtica". Durante los veranos, aprovechando las vacaciones del seminario, Daniele a menudo va en Val Formazza, en Piemonte: aquí los chicos de la OMG construyeron dos refugios de alta montaña. Daniele, amante de la naturaleza, del caminar y del silencio, ayuda en la gestión y en los diferentes campos de trabajo que se organizan para los jóvenes, dando una mano a don Ambrogio, que es el responsable directo.
El 30 de diciembre de 1990 recibe el diaconado y el 22 de junio de 1991 es ordenado sacerdote, por el obispo mons. Francesco Tarcisio Bertozzi, en Faenza.