Dal 1986 al 1991 Daniele studia nel seminario di Bologna. Il suo vicerettore così lo ricorda: “Gli anni del seminario sono stati per Daniele un momento di purificazione che gli ha fatto comprendere sempre meglio perché, per chi e per che cosa spendere la vita: sono stati anni nei quali, riducendo le attività esterne, ha potuto curare la sua crescita interiore. Il distacco fisico dai luoghi e dalle persone care hanno permesso a Daniele d’instaurare con loro un legame più forte e puro attraverso la preghiera. La fatica dello studio l’ha offerta e accolta ogni giorno con tenacia e costanza. Gli orari stretti, che scandivano i momenti della vita comunitaria, lo hanno educato alla disponibilità e alla docilità".
Daniele si reca in Perù, nell’estate del 1987, per due mesi, per l’ordinazione di p. Giorgio. L’amicizia con lui rimane molto forte: lo considera come un fratello, accogliendo da lui consigli e correzioni. Al suo ritorno comincia a vivere il tempo del seminario, il tempo della sua lontananza dal Perù con un’obbedienza assoluta: inizia senza più fermarsi a capire tutti, a sospendere il giudizio sui diversi modi di vivere il Vangelo, pur continuando a ritenere che il progresso è un pericolo per l’autentica vita cristiana. Durante le estati, in vacanza dal seminario, Daniele si reca spesso in Val Formazza in Piemonte: qui i ragazzi dell’OMG hanno costruito due rifugi in alta montagna. Daniele amante della natura, del camminare e del silenzio, aiuta nella gestione e nei vari campi di lavoro organizzati per i ragazzi, dando così una mano a don Ambrogio che è il diretto responsabile.
Il 30 dicembre 1990 riceve il diaconato e il 22 giugno 1991 viene ordinato presbitero a Faenza, dal vescovo mon. Francesco Tarcisio Bertozzi.