De 1986 à 1991 il a étudié au Séminaire de Bologne. Le vice-recteur se souvient de Daniele en ces termes : « Les années du séminaire ont été pour Daniele un temps de purification où il a compris toujours davantage pour quoi, pour qui et pourquoi il voulait dépenser sa vie. Des années durant lesquelles, en réduisant les activités externes, il a pu soigner sa croissance intérieure. Etant séparé des personnes et des lieux qui lui étaient les plus chers, il a pu faire grandir avec eux, à travers la prière, une relation plus forte et plus pure. Chaque jour il a accueilli avec ténacité et constance le devoir d’étudier et en a fait une offrande. Les horaires stricts, scandant les rythmes de la vie communautaire, l’ont éduqué à une disponibilité bien ordonnée.
Pendant l’été 1987 il a pu se rendre au Pérou pour assister à l’ordination du P. Giorgio. Il y est resté deux mois. Il avait avec Giorgio un lien d’amitié très fort : il était resté pour lui un frère dont il accueillait les conseils et dont il se laissait corriger. Dès son retour, Daniele commence à vivre vraiment cette étape du séminaire, ce temps d’éloignement de son Pérou bien-aimé, comme une obéissance reçue, et cela de façon absolue. Il s’ouvre à la manière de voir des autres, apprenant à suspendre son jugement sur les différentes façons de vivre l’Evangile, et cela ne s’arrêtera plus, même si pour lui le progrès actuel continuera de représenter une menace pour une vie chrétienne authentique. » Pendant les vacances d’été, Daniele se rend souvent au Piémont, dans le Val Formazza, où les jeunes de l’OMG ont construit deux refuges en haute montagne. Il aime la nature, les longues marches silencieuses, mais il se dévoue surtout à l’organisation des camps de travail pour les jeunes, donnant un coup de main à Ambrogio qui en est le responsable.
Le 30 décembre 1990 Daniele reçoit le diaconat, et le 22 juin 1991 il est ordonné prêtre à Faenza, par Mgr. Tarcisio Bertozzi